Cùng với việc Liên Xô tan rã vào đầu những năm 1990 khiến không còn mối đe dọa trực tiếp nào đến Hoa Kỳ đã dẫn đến việc cắt giảm đáng kể ngân sách quốc phòng, và chi phí tốn kém để duy trì và sử dụng các thiết giáp hạm trong lực lượng thường trực của Hải quân Hoa Kỳ khiến cho nó không có hiệu quả kinh tế; Missouri được cho ngừng hoạt động vào ngày 31 tháng 3 năm 1992 tại Long Beach, California.[36] Vị chỉ huy cuối cùng của chiếc tàu chiến, Thuyền trưởng Albert L. Kaiss, ghi những dòng cuối cùng vào Nhật ký của con tàu:

Ngày cuối cùng của chúng ta đã đến. Ngày hôm nay chương cuối cùng của lịch sử chiếc thiết giáp hạm Missouri được viết nên. Người ta thường nói rằng thủy thủ đoàn chỉ huy con tàu, không có điều nào đúng hơn... vì thủy thủ đoàn của con tàu vĩ đại này đã tạo ra sự lãnh đạo lớn lao. Các bạn là một đội ngũ đặc biệt các thủy thủ và Thủy quân Lục chiến, và tôi rất hãnh diện được phục vụ chung và cùng với từng người trong các bạn. Với những người thực hiện chuyến đi đau lòng đổ cho con tàu này nghỉ ngơi, tôi cảm ơn các bạn, các bạn đã làm việc nặng nhọc nhất. Để rời bỏ con tàu vốn đã trở nên một phần ruột thịt của các bạn là một kết cuộc đau buồn của một chuyến đi vĩ đại. Nhưng hãy tìm lấy sự an ủi, các bạn đã ghi nên lịch sử của con tàu và những ai từng đi cùng nó trước đây. Chúng ta đã đưa nó ra trận, đã hoạt động xuất sắc và đã viết thêm một trang vào lịch sử của nó, bên cạnh các vị tiền bối trong truyền thống hải quân đích thực. Chúa phù hộ tất cả các bạn.

— Thuyền trưởng Albert L. Kaiss[28]

Missouri được giữ lại trong thành phần của hạm đội dự bị ở Xưởng Hải quân Puget Sound, Bremerton, Washington, cho đến ngày 12 tháng 1 năm 1995, khi nó được xóa khỏi danh sách Đăng bạ Hải quân. Vào ngày 4 tháng 5 năm 1998, Bộ trưởng Hải quân John H. Dalton ký văn bản trao tặng con tàu cho tổ chức phi lợi nhuận USS Missouri Memorial Association (MMA) ở Honolulu, Hawaii. Nó được kéo từ Bremerton ngày 23 tháng 5 đến cảng Astoria, Oregon, nơi nó được đặt trong luồng nước ngọt ở cửa sông Columbia để tiêu diệt và cạo sạch hàu nước mặn cùng rong biển bám vào lườn tàu khi ở Bremerton,[33] rồi được kéo vượt qua Thái Bình Dương để được neo đậu tại Đảo Ford, Trân Châu Cảng vào ngày 22 tháng 6, chỉ cách tàu bảo tàng Arizona khoảng 450 m.[28] Không đầy một năm sau, vào ngày 29 tháng 1 năm 1999, Missouri được mở cửacho tham quan như một bảo tàng dưới sự điều hành của Hiệp hội MMA.

Ban đầu, quyết định chuyển chiếc Missouri đến Trân Châu Cảng gặp phải một số phản đối. Một số người lo ngại rằng chiếc thiết giáp hạm, mà tên tuổi là biểu tượng của việc kết thúc Chiến tranh thế giới thứ hai, sẽ làm lu mờ chiếc thiết giáp hạm USS Arizona, mà thảm kịch bị nổ tung và chìm vào ngày 7 tháng 12 năm 1941 đã là biểu tượng của cuộc tấn công Trân Châu Cảng.[37] Để giúp bảo vệ khỏi sự lo ngại này, Missouri được đặt lui lại và hướng về phía Bảo tàng Arizona, nên những ai tham gia các nghi lễ quân sự trên sàn tàu phía sau của chiếc Missouri không thể thấy được Bảo tàng Arizona. Quyết định hướng mũi chiếc Missouri vào Bảo tàng Arizona dự định truyền đạt ý niệm rằng Missouri giờ đây canh giữ những gì còn lại của chiếc thiết giáp hạm Arizona nên những ai cùng bị chôn theo Arizona giờ đây có thể an nghỉ.[38]

Missouri không đạt được chuẩn để được đề nghị là Di tích Lịch sử Quốc gia[38] cho dù nó được liệt kê trong danh sách Địa điểm Lịch sử Quốc gia vào ngày 14 tháng 5 năm 1971 vì là địa điểm diễn ra lễ ký kết văn kiện đầu hàng của Nhật Bản để kết thúc Chiến tranh thế giới thứ hai.[37] Đó là do con tàu đã được hiện đại hóa một cách đáng kể trong những năm sau cuộc đầu hàng.[38]